A cedência gratuita da Igreja do Convento de São Francisco à Diocese de Coimbra foi formalizada, através de um protocolo aprovado a 5 de fevereiro de 1996, tendo sido objeto de alterações ao longo dos anos, por via de adendas, outorgadas a 14 de janeiro de 2009, 31 de março de 2011 e 26 de abril de 2012. O Município comprometia-se a assegurar à Diocese, pelo período de dez anos, a utilização do espaço da antiga Igreja do Convento de São Francisco (atual Sala D. Afonso Henriques) e do Grande Auditório, durante seis e dois dias por ano, respetivamente, o que se mantém neste novo protocolo.

No novo texto, estipula-se que o novo protocolo vigore pelo período de dez anos, mas podendo ser renovado automaticamente no final do prazo, por períodos de um ano, salvo denúncia efetuada por qualquer um dos outorgantes, por carta registada com aviso de receção, com uma antecedência mínima de 60 dias.

Por sua vez, a Diocese compromete-se a patrocinar e a viabilizar a realização de protocolos, entre o Município e a Fábrica da Igreja Paroquial da Freguesia de São Cristóvão da Sé Velha – Coimbra e a Fábrica da Igreja Paroquial da Freguesia de Santa Cruz – Coimbra, por si tuteladas, que regulem e possibilitem a utilização dos espaços da Sé Velha e do Mosteiro de Santa Cruz, para efeitos de realização de eventos culturais, desde que consentâneos com a identidade do lugar, sempre que solicitado pelo Município.

O protocolo prevê, ainda, que a Diocese de Coimbra patrocine e viabilize a realização de protocolos, entre o Município e as paróquias e as entidades canónicas detentoras de órgãos de tubos em funcionamento na cidade, por si tuteladas, que regulem e possibilitem a realização de concertos, a incluir nos circuitos turísticos promovidos pelo Município de Coimbra ou por entidade sua parceira.