A bandeira tem formato quadrangular e duas faces. A primeira face apresenta as armas reais bordadas, sobre um brocado de seda antigo, com o brasão das cinco quinas e sete castelos, encimado pela coroa real, e encontra-se muito danificada, tendo sofrido várias intervenções ao longo do tempo. Já a segunda, a contra face, apresenta um bordado com o brasão de armas da cidade de Coimbra, num fundo de seda natural branca, e encontra-se também muito danificado.

A bandeira de Coimbra era levada pelo alferes da cidade, pelo Juiz dos Órfãos ou pelos vereadores nas cerimónias antigas em representação da cidade, em festas religiosas e profanas. O registo documental destas cerimónias remonta ao século XVI, pelo que as peças bordadas podem ser mais antigas do que os tecidos brocados onde foram aplicadas posteriormente.

Depois de ser restaurada, com um investimento de 6.500 euros, a bandeira da cidade de Coimbra vai ficar exposta no Arquivo Histórico Municipal, como elemento identitário da história do municipalismo da cidade.